ความเป็นมา กองแผนงาน ตั้งอยู่ที่อาคารมิ่งขวัญ ชั้น 3 มหาวิทยาลัยนเรศวร เลขที่ 99 ถนนพิษณุโลก นครสวรรค์ ทุ่งหนองอ้อ หมู่ที่ 9 ตำบลท่าโพธิ์ อำเภอเมืองพิษณุโลก จังหวัดพิษณุโลก มีการจัดตั้งมหาวิทยาลัยนเรศวรขึ้นใน จังหวัดพิษณุโลก ในปี พ.ศ.2533 โดยการยกวิทยฐานะจาก มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตพิษณุโลก พร้อมจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยนเรศวร ได้แก่ สานักงานอธิการบดี และหน่วยงานอื่น ๆ โดยให้แบ่งส่วนราชการในสานักงานอธิการบดีเป็น กองกลาง กองกิจการนิสิต กองบริการการศึกษา และกองแผนงาน (ตาม ประกาศทบวงมหาวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยนเรศวร พ.ศ.2534 และปรับปรุงแก้ไข พ.ศ.2539) และคณะกรรมการข้าราชการพลเรือนในมหาวิทยาลัย ก.ม.)ได้กาหนดให้มีการแบ่ง ส่วนราชการภายในกองแผนงาน ออกเป็น 4 งาน ดังนี้1. งานธุรการ2. งานวิเคราะห์งบประมาณและอัตรากาลัง3. งานวิจัยสถาบันและสารสนเทศ4. งานผังแม่บทและออกแบบก่อสร้าง และในปีพ.ศ.2558 สภามหาวิทยาลัยนเรศวร ในคราวประชุมครั้งที่ 207 (5/2558) เมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 2558การพิจารณา การปรับโครงสร้างหน่วยงานภายใต้สานักงานอธิการบดี ได้มีมติเมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม 2558 อนุมัติให้มีการแบ่งส่วนราชการ ภายในกองแผนงาน ออกเป็น 2 งาน ดังนี้ 1. งานติดตามและประเมินผล2. งานงบประมาณ